Der gesamte Krieg wurde von dem Historiker Thukydides in seinem Werk Geschichte des Peloponnesischen Krieges minutiös dokumentiert. Dieses Werk wurde von Xenophon in seiner Griechischen Geschichte weitergeführt.

Der Athenische Flottenverband war ein Zusammenschluss freier griechischer Staaten, der nach dem Ende der griechisch-persischen Kriege gegründet wurde. Später wurde sie zu einem Machtblock, der die Interessen Athens vertrat. Athen baute die so genannten "langen Mauern", die die Stadt mit dem Hafen von Piräus verbanden und die Gemeinde gegen Angriffe vom Festland immun machten. Auf der anderen Seite stand der peloponnesische Block, angeführt von Sparta.

Der Krieg zwischen Athen und Sparta zwischen 457 und 446/445 v. Chr., der durch den Übertritt von Megara zu Athen ausgelöst wurde, wird oft als Vorspiel zum gesamten Peloponnesischen Krieg angesehen.

Die Initialzündung für den Krieg war jedoch das Bündnis zwischen Theben (dem nördlichen Nachbarn Athens) und Sparta, das sich gegen Phokis (den Verbündeten Athens) richtete. Als Sparta Truppen nach Böotien schickte, wurde es von Athen bekämpft, das von Sparta besiegt wurde (Schlacht von Tanagra). Doch zwei Monate später besiegte Athen Theben in der Schlacht von Oinophyta und wurde damit für die nächsten zehn Jahre die dominierende Macht in Mittelgriechenland. Später musste Athen jedoch die Autonomie Böotiens anerkennen, was den Krieg zum Stillstand brachte. Später wechselte Megara erneut die Seiten und schloss sich Sparta an. Die Kräfte wurden so ausgeglichen und ein dreißigjähriger Friedensvertrag wurde geschlossen.

Dieser Vertrag wurde gebrochen, als das neutrale Korinth seine Flotte stark verstärkte und versuchte, die Vorherrschaft im Ambrakischen Golf zu erlangen. Im Rahmen des Epidamnus-Krieges rief die Demokratische Partei Korinth und die Aristokratie der ehemaligen korinthischen Kolonie Kerkyra zu Hilfe. Dies führte zu einem Krieg zwischen Korinth und Kerkyra um die Vorherrschaft im Ionischen Meer. Korinth verstärkte jedoch weiterhin seine Flotte und bedrohte Athen, das daraufhin seinen Status als größte Seemacht verlor. Athen schloss daher ein Verteidigungsbündnis mit Kerkyra. Korinth sah darin jedoch eine Verletzung des Friedens von 446 v. Chr. und wandte sich an Sparta.

Ein weiteres Problem war der Streit in Poteidaii auf der Halbinsel Chalkidiki. Poteidaia war ein Verbündeter Athens, unterhielt aber auch gute Beziehungen zu Korinth. Athen forderte Poteidaia auf, die korinthischen Beamten auszuweisen und die Hafenbefestigung abzureißen. Daraufhin zog sich Poteidaia aus dem Marineverband zurück. Trotz der Unterstützung durch Korinth wurde sie kurz darauf von den Athenern belagert.

Außerdem beschloss die athenische Volksversammlung damals, wegen des Streits mit Megara eine Seeblockade ihrer Häfen zu verhängen. Megara bat daher ihre Verbündeten, nämlich Sparta, um Hilfe. Dies war praktisch der Beginn des Peloponnesischen Krieges.

Im Sommer 432 v. Chr. wurde Sparta eingeladen, dem Krieg beizutreten. König Archidamus II. drängte auf eine vernünftige Lösung, scheiterte jedoch. Es folgte eine formelle Kriegserklärung. Athen verfügte über ein schwächeres Bodenheer, schützte aber die Bevölkerung Attikas hinter "langen Mauern", die zu dieser Zeit unzerstörbar waren. Außerdem verfügten sie über eine mächtige Flotte. Sparta hingegen hatte eine klare Überlegenheit bei den Bodentruppen.

Die erste militärische Auseinandersetzung wurde von den mit Sparta verbündeten Thebanern mit einem Angriff auf Plataea Anfang 431 v. Chr. ausgetragen.

Die Athener zögerten daher, sich auf eine militärische Auseinandersetzung an Land einzulassen, und versuchten, mit ihrer Flotte die Küstenstädte des Peloponnes anzugreifen und Sparta durch die Blockade der Seewege langsam zu erschöpfen. Sparta wandte eine ähnliche Taktik an, indem es Attika in regelmäßigen Abständen angriff, es vollständig niederbrannte und dann nach einigen Wochen seine Truppen abzog. Sie versuchten, die Athener in eine offene Schlacht zu locken.

Nach dem Tod von Perikles übernahmen Kleon und Nikias die Regierung in Athen. Sie drängten auf eine weitere Ausdehnung der Unterstützung auf die ärmeren Bevölkerungsschichten, da ein Großteil der Bevölkerung Attikas schon seit einiger Zeit innerhalb der athenischen Festungsanlagen versammelt war und ihr Besitz der Gnade der Spartaner ausgeliefert war. Dies stellte jedoch eine große Belastung für den athenischen Haushalt dar.

Auch in den folgenden Kriegsjahren war nicht klar, wer die Oberhand hatte.

Im Jahr 425 v. Chr. landete jedoch ein Teil der athenischen Armee unter dem Kommando des Strategen Demosthenes am Kap Pylos an der Westküste des Peloponnes und befestigte es. Die spartanische Belagerung war erfolglos, und außerdem wurden 120 Spartiaten (Elitekrieger) in der Schlacht von Sphakteria gefangen genommen. Nach dieser schweren Niederlage bot Sparta den Athenern Frieden an. Das Abkommen wurde nicht bestätigt, weil Athen unannehmbare territoriale Zugeständnisse forderte.

Daraufhin verzichteten die Spartaner aus Angst um das Schicksal der gefangenen Soldaten auf weitere Einfälle in Attika. Und konzentrierte sich darauf, Athen durch Angriffe auf seine Verbündeten zu schwächen.

Im Jahr 424 v. Chr. unternahm Sparta einen Feldzug nach Thrakien. Im Norden angekommen, schloss Sparta ein Bündnis mit dem bis dahin neutralen makedonischen König Perdikkas II. Mit dieser Unterstützung übernahmen die Spartaner die Kontrolle über die Stadt Amphipolis, den wichtigsten athenischen Stützpunkt an der nördlichen Ägäisküste. Außerdem verlor Athen im selben Jahr eine Landschlacht mit Theben. Infolgedessen hatte Athen große Schwierigkeiten, seine Getreidevorräte von der Krim oder seine Gold- und Holzvorräte zu schützen. Athen war daraufhin gespalten zwischen der Forderung nach einem harten Schlag gegen Sparta (Kleon) und der Forderung nach einer Aussöhnung mit Sparta (Níkias).

In der Schlacht von Amphipolis im Jahr 422 v. Chr. siegten die Spartaner, aber sowohl Kleon als auch der spartanische Kriegsherr Brásidas fielen. Der Tod dieser Hardliner ebnete den Weg für einen Friedensvertrag, der nach seinem Architekten Nikias Frieden genannt wurde.

Zum Zeitpunkt des Friedensschlusses überredete Alkibiades Athen, nach Sizilien zu gehen, um Spartas Getreidelieferungen abzuschneiden und den athenischen Einflussbereich zu erweitern. Ein Ersuchen von Segesta um Hilfe gegen Syrakus diente als Vorwand. Alkibiades gelang es, diesen Krieg zu gewinnen, aber nach seiner Rückkehr nach Athen sollte er wegen angeblicher Verunstaltung von Statuen des Gottes Hermes vor Gericht gestellt werden. Anstatt nach Athen zurückzukehren, schlug er sich auf die Seite Spartas, was der Anfang vom Ende Athens war.

Nikias belagerte Syrakus weiter, konnte es aber nicht vollständig einkesseln. Sparta entsandte eine kleine Truppe von Soldaten zu seinem Verbündeten, die von dem erfahrenen Gylippus angeführt wurde. Nikias' Versuche, die Stadt einzunehmen, blieben trotz der eingetroffenen Verstärkung erfolglos. Die Situation verschlechterte sich weiter, bis die athenische Flotte im Golf von Syrakus abgeschnitten und schließlich vernichtet wurde. Folglich musste sich Athen zurückziehen, aber diese Entscheidung kam sehr spät. Und so geriet der größte Teil des Heeres in Gefangenschaft, in der viele von ihnen starben. Die Befehlshaber Nikias und Demosthenes wurden hingerichtet.

Athen war geschwächt, und obwohl die Kräfteverhältnisse ausgeglichen blieben, erklärte Sparta 414 v. Chr. Der Frieden des Nikias wurde gebrochen. Auf den Rat von Alkibiades hin besetzte sie 413 v. Chr. die Stadt. Dekeleia, ein strategisch wichtiges Dorf in Attika, das den Spartanern fortan als Stützpunkt für ihre Überfälle auf das Gebiet Athens diente. Athen wurde somit dauerhaft belagert, was zur Flucht von Sklaven, aber vor allem zum Verlust von Nachschub von der Insel Euböa führte. Diese konnten nur auf dem Seeweg kommen. Auch die Armee musste die langen Mauern ständig schützen, was eine beträchtliche Anzahl von Soldaten zur Verteidigung der Stadt band.

Darüber hinaus unterstützte Athen 414 v. Chr. eine lokale Rebellion in Kleinasien, die das persische Reich gegen sich aufbrachte. Die Perser verbündeten sich mit Sparta, das Kleinasien an sie abtrat, wofür die Perser ihnen regelmäßige Geldzahlungen versprachen. Mit diesem Geld begann Sparta mit dem Bau einer mächtigen Flotte. Diese wurde allmählich so stark wie die athenische, aber es gab keinen größeren Sieg für eine der beiden Seiten. Dies lag auch daran, dass die Perser mit dem Konflikt zufrieden waren und versuchten, ihn in die Länge zu ziehen, da dies beide Seiten schwächte, was für Persien von Vorteil war.

Alkibiades beschloss, Sparta zu diesem Zeitpunkt nicht mehr zu dienen und erwog, nach Athen zurückzukehren. Hier wurde jedoch ein Staatsstreich vorbereitet, um die Demokratie abzuschaffen und eine Oligarchie einzuführen. Dieser Druck zahlte sich für die Verschwörer aus und ihre Ziele wurden erreicht. Aber es brachte keinen Frieden mit Sparta oder Persien.

Außerdem waren die Kommandeure zwar Anhänger der Oligarchie, aber die Ruderer zum Beispiel waren Anhänger der Demokratie und weigerten sich, die neue Regierung zu unterstützen. Und so wurde der Rat der Vierhundert nach einigen Monaten aufgelöst. Alkibiades hatte bereits zur Demokratischen Partei gewechselt.

Nach der Rückkehr von Alkibiades errang Athen viele Siege. Nach der Schlacht von Kyzicus war Sparta erneut bereit, den Frieden zu akzeptieren, doch Athen (unter Führung von Kleophonos) lehnte ab. Alkibiades wurde trotz seines kürzlichen Überlaufs nach Sparta zum Chefstrategen mit nahezu unbegrenzter Machtfülle gewählt.

Auf spartanischer Seite nahm General Lysandros engen Kontakt zu den Persern auf und veranlasste sie, ihre bisherige vorsichtige Politik endgültig zu beenden und Sparta voll zu unterstützen. Die Auswirkungen waren fast sofort zu spüren, als Athen in der Schlacht von Notia besiegt wurde. Alkibiades wurde daraufhin als Strategos abgesetzt.

In der größten Seeschlacht um die Arginus-Inseln war Athen zwar siegreich, doch weil es versäumt hatte, die ertrinkenden Seeleute zu retten, kam es zum berühmten Arginus-Prozess. Darin wurden mehrere siegreiche athenische Strategen hingerichtet, so dass Athen über keine erfahrenen Befehlshaber mehr verfügte.

Im folgenden Jahr fiel Athen in der Schlacht von Aigospotamoi. Athen hatte nun keine Flotte mehr, und die Spartaner beherrschten die See. Auch Athen wurde von seinen Verbündeten aufgegeben (mit Ausnahme der Insel Samos). Sparta griff daraufhin Samos und Athen auf dem Land- und Seeweg an. Sie waren völlig ausgehungert und kapitulierten 404 v. Chr. Athen erkannte erst zu spät, dass es seine Verbündeten als Gleichberechtigte und nicht als Untergebene hätte behandeln müssen.

"Nachdem Lysandros die Friedensbedingungen akzeptiert hatte, zog er in Piräus ein, und dann wurde mit großer Feierlichkeit und begleitet von der Musik der Flötenspieler mit dem Niederreißen der Mauern begonnen, denn man glaubte, dass dieser Tag den Beginn der Freiheit der Hellenen markiere."

In der Folge wurde der athenische Flottenverband aufgelöst, die Flotte an Sparta übergeben und schließlich verbrannt. In Athen wurde eine prospartanische oligarchische Regierung mit dreißig Tyrannen eingesetzt, die 403 v. Chr. gestürzt wurde. Ähnliche Regierungen wurden in anderen griechischen Gemeinden eingerichtet. Korinth und Theben strebten die vollständige Zerstörung Athens an, was von den Spartanern jedoch abgelehnt wurde, da diese beiden Gemeinden am meisten von der Zerstörung Athens profitieren würden.

Sparta hatte aber auch ein Problem, denn es versprach, Kleinasien an Persien zu opfern. Doch das war keine Option, und so begann der Krieg Spartas mit dem Persischen Reich.