Die Ritter des Johanniterordens konnten sich dank der Qualität ihrer Befestigungen mehr als zweihundert Jahre lang erfolgreich gegen die Angriffe verschiedener Eroberer wehren. Der Wendepunkt kam 1552, als der türkische Sultan Suleiman, genannt der Prächtige, auf Rhodos landete und mit einer Flotte von 200 Kriegsschiffen eine Belagerung begann. Die Belagerung der Insel dauerte sechs lange Monate und beide Seiten waren erschöpft. Es heißt, dass der Sultan schließlich dank des Verrats eines Einheimischen siegte, der ihm anvertraute, dass die Verteidigungsanlagen der Stadt am Ende ihrer Kräfte waren. Die Türken griffen die Insel erneut mit großer Macht an und eroberten die Festung. Der letzte Großmeister des Johanniterordens, Villiers de l`Isle Adam, war somit gezwungen, die Kontrolle über die Insel an den türkischen Sultan abzugeben, und Rhodos wurde Teil des Osmanischen Reiches.

Nach der Kapitulation wurden 180 Ritter zurückgelassen und durften in See stechen. Die Ritter fanden in Malta eine neue Heimat und erhielten den Namen, unter dem sie noch heute bekannt sind - die Malteserritter. Die Ritter nahmen auch 8.000 Christen, eine Sammlung von Kunstwerken, kirchlichen Standarten und Reliquien mit.

Obwohl die Türken die Insel tatsächlich eroberten und die Stadt Rhodos zur Hauptstadt der ägäischen Provinz des Osmanischen Reiches wurde, gelang es ihnen nie, die lokale Bevölkerung zu unterwerfen. Unter der türkischen Herrschaft war Rhodos eher menschenleer, gelegentlich wurde ein Tempel in ein Minarett oder ein Herrenhaus umgewandelt, und auch in der Hauptstadt wurden türkische Bäder gebaut. Die Türken zeigten jedoch kein großes Interesse an Architektur und Kultur auf der Insel und die Städte entvölkerten sich langsam. Die Hauptwirtschaftskraft der Insel war die Landwirtschaft, und bis ins 19. Jahrhundert fungierte Rhodos als Markt für landwirtschaftliche Erzeugnisse für den eigenen Bedarf und für die umliegenden Kleinstaaten. Seine internationale Bedeutung nahm jedoch ab.

Während der türkischen Besatzung wurde die Insel von Kapudan Pascha regiert und beherbergte auch den Hauptverwalter der ägäischen Provinz des Osmanischen Reiches, zu der Rhodos gehörte. Allerdings durften nur Türken und Juden in der Altstadt wohnen, und die Einheimischen mussten in neue Vororte außerhalb der Stadtmauern ziehen. Griechische Arbeiter, die in der Altstadt arbeiteten, wurden jeden Abend vor die Stadtmauern getrieben. So entstand die Neue Stadt.

Den Türken gelang es jedoch nie, die gesamte Insel zu erobern, und sie waren auf Rhodos immer in der Minderheit. Dennoch gelang es einigen Städten, ein gewisses Maß an Unabhängigkeit zu bewahren, einschließlich wirtschaftlicher Aktivitäten - insbesondere Lindos. Im Jahr 1821 rebellierten die Festlandgriechen gegen die Türken und erlangten ihre Unabhängigkeit. Doch die Rhodener waren zu erschöpft und blieben unter türkischer Herrschaft. Die Türken besetzten die Insel bis 1912.

Sehenswürdigkeiten:

400 lange Jahre der türkischen Herrschaft hatten auf Rhodos ihren Tribut gefordert. Die einst blühende Insel ist allmählich dem Verfall preisgegeben, auch was die architektonische und künstlerische Tätigkeit betrifft. Die Türken kümmerten sich wenig um die Gebäude und reparierten sie nicht. Dies wurde durch mehrere starke Erdbeben, die die Insel erschütterten, noch verschlimmert. Einige der Gebäude wurden abgerissen, einige Kirchen wurden gelegentlich zu Minaretten umgebaut. In der Hauptstadt wurden einige Moscheen und öffentliche Bäder gebaut. Heute ist dieser Teil der Altstadt als "Türkisches Viertel" bekannt.