Lange und interessante Historie der griechischen Insel Santorini ist vor allem eine faszinierende Geschichte vom ewigen Kampf zwischen dem Menschen und der Natur. Der Vulkancharakter der Insel beeinflusste und beeinflusst weiterhin das Alltagsleben der lokalen Einwohner. Sie ließen sich aber durch die Widrigkeiten des Schicksals nicht einschüchtern und auch trotz starker vulkanischer Tätigkeit siedelten sich gleich mehrere bedeutende Zivilisationen und Völker auf der Insel an, die unauslöschliche Spuren in ihrer Vergangenheit hinterließen.
Der Vulkancharakter der Insel Santorini ist ein wichtiger Faktor, der sich an seiner langen Geschichte beteiligte. Schon allein der Ursprung der Insel Kalliste ("die Schönste"), die, nach der Sage von Argonauten und Euphemos, aus dem Nichts entstand, ist, laut Experten und Fachleuten, wahrscheinlich mit der Eruption eines nahen Vulkans verbunden.
Die ersten Bewohner besiedelten die Insel Thera schon in der Urzeit, um ca. 4000 v. Chr. Doch die erste bedeutende Zivilisation, die sich unauslöschlich in die Geschichte der Insel einschrieb, waren die sog. Minoer - aus der Nachbarinsel Kreta stammendes Volk. Die Minoer niederließen sich im Südwesten der Insel, im Gebiet von Akrotiri, ungefähr im Zeitraum von 2000 bis 1600 v. Chr. Somit wurde die Insel Thera ein Teil der sog. minoischen Kultur, die als die erste entwickelte Zivilisation Europas angesehen wird.
Im 17. Jhdt. v. Chr. kam es aber zur riesigen Naturkatastrophe. Der Vulkan Strongyli, nach dem auch die Insel genannt wurde (Strongyli bedeutet "kreisförmig"), zeigte seine unvorstellbare Kraft. Die Eruption zersprengte den inneren Teil der Insel, es blieben nur die Ränder des Vulkankraters übrig.
Der massive Ausbruch hatte wahrscheinlich zur Folge auch den Untergang ganzer minoischen Kultur. Auch heute kann man aber ihre Fortgeschrittenheit und Bedeutung bewundern, weil die Siedlung Akrotiri nach der Eruption von vulkanischer Asche bedeckt wurde wodurch sie bis zu ihrer Wiederentdeckung im Jahre 1967 konserviert war. In dem Ort gibt es auch ein archäologisches Museum. Die Ausgrabungen in Akrotiri sind also ein Tipp für einen interessanten Ausflug.
Zu wichtigen Sehenswürdigkeiten aus der Zeit der Antike gehören vor allem die Reste der altertümlichen Stadt Alt-Thera. Die Stadt Thera wurde seit 9. Jhdt. v. Chr. besiedelt, als die Kolonisten von Sparta auf die Insel kamen und im schwer zugänglichen Gebirgsterrain, in der Nähe vom Gebirgsmassiv Mesa Vouno, eine neue Siedlung gründeten. Die Stadt entwickelte sich schnell und wurde ein wichtiges Handels- und Kulturzentrum der Insel. Das endete aber im Jahre 726 n. Chr. als es (wie auch sonst) zum vulkanischen Ausbruch kam. Auch wenn die Eruption diesmal viel schwächer war, beschädigte sie die Stadt und die Bewohner zogen an die Küste um. Die gefundenen Artefakte aus der Stadt sind im Archäologischen Museum Thera in der Hauptstadt Fira ausgestellt.
In späteren Zeiten wechselten sich mehrere Mächte bei der Regierung auf Santorini ab. Bedeutende Eroberer waren die Römer, die im 13. Jahrhundert die Regierung über der Insel übernahmen und damit die, ca. drei Jahrhunderte lang dauernde, Venezianische Herrschaft starteten. Venezianer waren eine der Seemacht damaliger Zeit. Sie nannten die Insel „Santorini“ nach der heiligen Irene, Patronin der Insel. Aus der Zeit der venezianischen Regierung blieben auch viele schöne historische Gebäude erhalten. Die meisten davon haben einen Abwehrcharakter. Ab 16. Jahrhundert herrschten wieder die Osmanen über die Insel und zwar bis 19. Jhdt. wo Santorini wieder ein Teil von Griechenland wurde.
In moderner Geschichte des 20. Jahrhunderts meldete sich der Vulkan stark noch einmal, und zwar im Jahre 1956. Sein Ausbruch war eine Katastrophe für die ganze Insel - die Explosion verlangte viele Leben ab, beschädigte eine Reihe von Städten zusammen mit historischen Sehenswürdigkeiten und auch die Infrastruktur erlitt große Schäden. Die Lebensqualität auf der Insel senkte plötzlich herab. Der Wiederaufstieg kam mit den 70er Jahren des 20. Jahrhunderts, als die Wirtschaft anfing sich an Tourismus zu orientieren. Heute gehört Santorini zu den beliebtesten touristischen Destinationen weltweit.