Venezianische Herrschaft

Im Jahr 1204 ging die Insel Thera (wie auch die anderen Inseln in der Ägäis) in die Hände des Venezianers Marco Sanudo über und wurde somit Teil des Herzogtums Naxos (oder des Herzogtums der Ägäis). Ein wichtiger Herrscher der Insel war Giacomo Barozzi, der venezianische Baron von Santorin und Thirasia, dessen Nachkommen die Insel bis 1480 regierten. Das Herzogtum wurde dann 1487 an Venedig angeschlossen.

Die Venezianer benannten die Insel nach ihrer Schutzpatronin, der Heiligen Irene ("Santa Irini"), und so entstand die Insel Santorin. Danach wurden auf der Insel mehrere neue Gebäude zum Gedenken an die Heilige Irene errichtet, darunter die wunderschöne Basilika Santa Irini (aus dem Jahr 1477).

Die Zeit der venezianischen Herrschaft war jedoch vor allem durch ständige Kämpfe mit Piratenbanden und, in geringerem Maße, durch Rivalitäten zwischen den lokalen Herrschern gekennzeichnet. Diese angespannte Atmosphäre führte zur Gründung von fünf befestigten Siedlungen (Kastellen), die an strategisch wichtigen Punkten lagen und ebenfalls mit Toren und Wachtürmen ausgestattet waren. Obwohl diese Kastelle durch das Erdbeben von 1956 schwer beschädigt wurden, sind ihre Überreste bis heute erhalten geblieben und stellen heute interessante Sehenswürdigkeiten auf Santorin dar. Dies sind die Burg von Skaros (im heutigen Imerovigli), die Burg von Pyrgos, die Burg von Emporio, die Burg von Akrotiri (Punta Castelli) und die Burg von Agios Nikolaos (oder Apanomerias) in der Stadt Oia.

Türkische Herrschaft

Im Laufe der Jahre gelang es den venezianischen Herrschern, eine Reihe von Anerkennungsverträgen mit dem Osmanischen Reich auszuhandeln. Doch auch dies hielt die türkischen Angriffe nicht auf und 1579 wurde die Insel Santorin schließlich vom osmanischen Admiral Piyale Pascha erobert. Die Türken nannten die Insel "Dermetzik", was so viel wie "kleine Mühle" bedeutet (wahrscheinlich wegen der zahlreichen Mühlen auf Santorin). Während des Russisch-Türkischen Krieges (der in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts stattfand) kam die Insel kurzzeitig unter russische Herrschaft, wurde aber bald wieder von den osmanischen Türken kontrolliert.

Unter türkischer Herrschaft hatte die Insel nicht mehr mit Piratenangriffen zu kämpfen und baute sogar eine eigene Handelsflotte auf. So konnte Santorin seine Handelsbeziehungen mit den großen Hafenstädten des östlichen Mittelmeers erfolgreich ausbauen und seine privilegierte Stellung im folgenden Jahrhundert behaupten. So sind auf der Insel noch heute Herrenhäuser aus dieser Zeit zu finden, die von dem hohen Lebensstandard der Bevölkerung zeugen.

Unabhängigkeit von Santorin

Nach dem Ausbruch des griechischen Unabhängigkeitskrieges, der im März 1821 auf dem griechischen Festland begann, folgte die Insel Santorin im Mai diesem Beispiel, obwohl die örtliche katholische Kirche Vorbehalte gegen diesen Schritt hatte. Die Flotte von Santorin war sehr stark und spielte eine wichtige Rolle im griechischen Unabhängigkeitskrieg. Die Insel Santorin wurde schließlich 1832 (mit der Unterzeichnung des Vertrags von Konstantinopel) Teil des unabhängigen Königreichs Griechenland.