Die Minoische Zivilisation wurde geboren und entwickelte sich auf der Nachbarinsel Kreta, bereits vor 5000 Jahren. Es handelte sich um ein gebildetes Volk fähiger Händler, Künstler und sogar auch erfahrener Seeleute. Sie waren auch die Ersten, die eine schriftliche Sprache gestalteten, welche man erst vor kurzem entschlüsseln konnte. Während ihrer Blütezeit geschah aber etwas, was den Untergang der ganzen Kultur der Minoer verursachte. Es blieben jedoch viele Spuren erhalten, die ihre Existenz und Fortgeschrittenheit beweisen.

Irgendwann zwischen den Jahren 2000 - 1600 v. Chr. landeten die Minoer auf der Insel Santorini und niederließen sich im Gebiet vom heutigen Akrotiri. Akrotiri gehörte zu bedeutenden prähistorischen Stätten der Ägäis, wo die ersten Bewohner bereits in der späten Jungsteinzeit (Spätneolithikum 4. - 3. Jtsd. v. Chr.) lebten. Mit der Zeit entstand eine ganze Siedlung hier, die sich, in der Mittel- und Spätbronzezeit (ca. 17. - 8. Jhdt. v. Chr.), zu einer der wichtigsten Hafenstädte im Ägäischen Meer entwickelte.

Die Minoer bauten eine besonders entwickelte Stadt auf, mit öffentlichen Gebäuden (auch mehrstufigen), Steinhäusern, Gassen, Marktplatz und sogar auch mit Kanalisation. Die Stadt wurde hauptsächlich durch den Handel reich und neben traditionellen Handwerken ging es auch der Kunst gut, z.B. Malen mit Farben, Schmuckmachen, usw. Die Fresken von Akrotiri sind vor allem für ihre lebendige Farben und wunderschöne Abbildung bekannt.

Einige davon oder zumindest ihre Fragmente, blieben uns erhalten und können, zusammen mit anderen interessanten Artefakten (Werkzeuge, Geschirr, Marmorfiguren, Schmuckstücke, usw.), im Prähistorischen Museum Thera in der Hauptstadt Fira bewundert werden. In Fira befindet sich auch das Archäologische Museum Thera, dessen Expositionen die Geschichte von Santorini von den ältesten Zeiten bis zur Gegenwart zeigen.

Um das Jahr 1600 v. Chr. kam es, nach einer Serie von kleineren Erdbeben, zur massiven Vulkaneruption, die das Leben auf der Insel Santorini und in ihrer nahen und auch weiteren Umgebung grundsätzlich beeinflusste. Der Ausbruch des Vulkans Strongyli veränderte komplett die Form der Insel und man vermutet auch, dass er der Grund für den Untergang der ganzen Minoischen Kultur war. Nach der Eruption bedeckte eine Schicht von Vulkanasche die Stadt, womit sie konserviert wurde und heute eine einzigartige archäologische Stätte von Santorini darstellt.