Das erste archäologische Museum in der Hauptstadt Fira, gegründet am Anfang des 20. Jahrhunderts, wurde leider bei dem starken Erdbeben im Jahre 1956 zerstört. Um die wertvollen Artefakte, gefunden bei den Ausgrabearbeiten, durchgeführt sowohl in der Umgebung von der antiken Stadt Thira als auch in anderen Gebieten der Insel, aufbewahren zu können, baute man im Jahre 1960 ein neues Museum.

Das Archäologische Museum Thera zeigt Santorinis Geschichte von den ältesten Zeiten bis zur Gegenwart:

Im ersten Raum des Museums gibt es einige prähistorische Exponate, die in der Nähe von Akrotiri entdeckt wurden, wie z.B. wundervolle Vasen aus dem Zeitabschnitt von 20.-17. Jhdt. v. Chr.

Zweite Teil der Exposition überträgt uns in die Antike (8.-4. Jhdt. v. Chr.), die vor allem von der Sammlung der keramischen Artefakte aus dem 6. Jhdt. v. Chr. repräsentiert wird. Zu sehen sind hier Vasen mit dekorativen Mustern und Tonfiguren.

Im offenen Raum des Museums befinden sich auch zahlreiche Skulpturen und andere Artefakte, zum Beispiel beschriftete Gedenksteine oder riesige Reliefvasen. Die Kollektion wird von der letzten Ausstellung beendet und zwar der Kunstgegenstände aus dem Hellenismus und der römischen Zeit. Besonders bemerkenswert ist eine 2,3 Meter hohe, perfekt erhaltene Skulptur eines jungen Mädchens.

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