Die Kirche des Heiligen Nikolaus (Agios Nikolaos von Molos) wurde 1561 erbaut und ist damit das älteste venezianische Gebäude auf Zakynthos. Die Kirche wurde im Stil einer einschiffigen, steinernen Basilika erbaut und war früher auch der Leuchtturm des Hafens. Im Jahr 1953 wurde die griechische Insel Zakynthos jedoch von einem sehr starken und verheerenden Erdbeben heimgesucht, das viele Dörfer und Städte zerstörte. Die Hauptstadt von Zakynthos wurde dem Erdboden gleichgemacht, und nach dem Erdbeben brachen große Brände aus. Sowohl Wohnhäuser als auch antike und kulturell wichtige Gebäude wurden zerstört. Nach dem Erdbeben blieben nur drei Gebäude in der Stadt stehen: die Kathedrale des Heiligen Dionysos, das Gebäude der Nationalbank und die Kirche des Heiligen Nikolaus.

Nach 1953 wurde die Kirche renoviert, um die Authentizität dieses prächtigen venezianischen Gebäudes so weit wie möglich zu erhalten. Auch das Innere der Kirche, das mit Wandmalereien, Ikonen und anderen religiösen Kostbarkeiten geschmückt ist, ist sehenswert. Einer der ersten Priester, die in diese Kirche eingeladen wurden, war der Mönch Dionysios, später ein Heiliger. Aus Respekt vor dem heiligen Dionysios werden seine Pontifikalien (Priestergewänder) noch immer in der Kirche aufbewahrt. Während der Osterfeiertage, am Karfreitag, geht die Prozession von der Kirche des Heiligen Nikolaus aus.

Die St. Nikolaus-Kirche befindet sich auf der Südseite des Solomos-Platzes, in der Nähe des Hafens der Stadt. Der zentrale und größte Platz von Zakynthos wurde zu Ehren eines Dichters namens Dionysios Solomos benannt, der unter anderem den Text der griechischen Nationalhymne verfasst hat.

Die Kirche wurde ursprünglich auf einer kleinen Insel errichtet, die über eine Brücke mit der Stadt verbunden war. Im Laufe der Zeit füllten jedoch Aufschüttungen den vorhandenen Graben auf und verbanden das Eiland mit dem Rest der Stadt Zante. Nach dem verheerenden Erdbeben und den ausgedehnten Bränden von 1953 wurden Bauschutt und anderes verbranntes Material aus der Stadt ins Meer geschüttet, und es wird berichtet, dass dadurch der Hafenkai um etwa 3 bis 5 Meter verlängert wurde.

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